(1)臭氧氧化副產(chǎn)物問題。純水處理設(shè)備廠家采用臭氧氧化工藝，將產(chǎn)生一些臭氧氧化副產(chǎn)物，主要可分為兩類：一類是溴酸鹽和次溴酸鹽，其中溴酸鹽具有強致癌性，中國、美國、歐洲、日本和世界衛(wèi)生組織等均將飲用水中溴酸鹽控制標(biāo)準(zhǔn)定為10μg/L。純水處理設(shè)備生產(chǎn)廠家2006年1月4日頒布、3月6日正式生效的美國新的《消毒劑/消毒副產(chǎn)物法》(D/DBPrule)規(guī)定溴酸鹽的目標(biāo)控制值是0μg/L。水處理設(shè)備生產(chǎn)廠家如果原水中含有一定濃度的溴離子，則有導(dǎo)致臭氧氧化后的水中產(chǎn)生溴酸鹽的風(fēng)險。此外，次溴酸鹽是溴仿和溴化有機物的前驅(qū)物，而溴代消毒副產(chǎn)物也是飲用水標(biāo)準(zhǔn)嚴格限制的。另一類是臭氧氧化有機物后產(chǎn)生的小分子有機物，如醛類、脂肪酸、羧酸、酮類、AOC等，這些有機物有些具有較強的生物毒性，不過在經(jīng)過生物活性炭處理后，由于活性炭的吸附作用和生物降解作用，水處理設(shè)備廠家可在一定程度上將這些有機物分解。
(2)生物安全性問題。純水處理設(shè)備廠家臭氧生物活性炭工藝在活性炭上會生長出大量的微生物，這些微生物將對炭濾后的出水水質(zhì)產(chǎn)生影響：①這些微生物會產(chǎn)生一些胞外分泌物，其中一些胞外分泌物可能具有一定的生物毒性；純水處理設(shè)備生產(chǎn)廠家②這些微生物會穿透活性炭床進入到出水中去，而且由于這些微生物經(jīng)過臭氧消毒工藝后存活下來，對消毒劑一般具有水處理設(shè)備生產(chǎn)廠家更強的耐受能力，不容易被殺滅；③進入到出水中的微生物往往被包裹在細微顆粒之中，因此很難接觸到消毒劑。
這些都造成了后續(xù)消毒工藝的困難。水處理設(shè)備廠家此外在南方城市已經(jīng)發(fā)現(xiàn)臭氧生物活性炭工藝出水中出現(xiàn)了較多的藻類，如劍水藻等，這些溺類一方面影響了水的感觀指標(biāo)，另一方面也可能出現(xiàn)一些有生物毒性的藻類或藻毒素。
(3)氧化藻類分泌藻毒素的問題。純水處理設(shè)備廠家在原水藻類較多的情況下，臭氧能氧化藻類，使原來包裹在藻細胞內(nèi)的胞內(nèi)毒素釋放出來，水處理設(shè)備廠家使水中藻毒素增加。因此，出于對飲用水水質(zhì)安全的綜合考慮，臭氧在飲用水凈化中的應(yīng)用已經(jīng)在美國純水處理設(shè)備生產(chǎn)廠家、歐洲、日本等發(fā)達國家受到了一定的限制，在中國的實際應(yīng)用中還存在設(shè)備購買與維護、氣源管理與安全等問題。